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银行卡扣短信费，但余额不足时，可以采取以下措施。
1、立即存入足额资金：确保银行卡内有足够的资金，以便扣除短信服务费。
2、补缴短信服务费：如果银行卡余额不足以支付上月的短信服务费，可以手动补缴，可以通过网上银行、手机银行或前往银行柜台进行缴费。
3、联系银行客服：如果无法及时缴费，可以联系银行客服，了解具体的扣费情况并寻求解决方案，银行客服可以帮助查询未缴费用并给出解决方案。
4、关闭短信通知服务：如果不想再使用短信通知服务，可以登录银行网上银行或手机银行，关闭短信通知服务，这样就不会再扣短信费了。
5、检查扣款记录：确认短信费用的扣款记录，确保没有误扣或其他异常情况，如果发现异常，及时联系银行解决。
不同的银行对于短信通知费用的处理方式可能有所不同，如果以上方法无法解决问题，建议直接联系开户银行的客服了解详细情况和解决方案。